Bánh căn được đổ trong một chiếc khuôn đất nung có nhiều lỗ tròn, đặt trên bếp than. Bột gạo đổ vào từng lỗ, đậy nắp, và chỉ vài phút là bánh chín — mặt dưới giòn, ruột xốp và ẩm.
Bánh thường được đổ thêm trứng cút, hoặc tôm, mực tùy hàng. Ra khỏi khuôn, bánh được úp thành từng cặp và ăn ngay khi còn nóng.
Phần quyết định là nước chấm. Ở Nha Trang phổ biến nhất là nước mắm pha với xoài xanh bào sợi, chua và mặn cân nhau; một số nơi dùng mắm nêm hoặc nước cá kho. Kèm theo là xíu mại và mỡ hành.
Đừng nhầm bánh căn với bánh khọt — bánh khọt chiên trong dầu, còn bánh căn thì nướng khô trong khuôn đất.